Родился 23 февраля 1954 года в селе Хоружевка Недригайловского района Сумской области в семье учителей. По опубликованному в статье утверждению директора Центра генеалогических и геральдических исследований Института истории Украины НАНУ историка Виктора Томазова, семья Ющенко была казацкого происхождения.
- Отец: Андрей Андреевич (1919—1992) — участник Великой Отечественной войны; узник Освенцима и других немецких концентрационных лагерей. После войны преподавал английский язык в школе.
- Мать: Варвара Тимофеевна (1918—2005) — преподаватель физики и математики (ушла из жизни всего через неделю после инаугурации сына на пост президента Украины).
- Старший брат: Пётр Андреевич (род. 15 сентября 1946) — народный депутат Украины IV—VI созывов.
- Племянник Ярослав Ющенко (род. 23 декабря 1980) — был заместителем председателя Харьковской областной государственной администрации с марта 2005 года.
По воспоминаниям учителей сельской школы, будущий президент был хорошим и прилежным мальчиком без амбиций и стремления к лидерству.