Рафаэлла Пеллони родилась 18 июня 1943 года в Болонье. Отец, Рафаэле Пеллони — владелец фермы родом из Эмилии. Мать, Анджела Айрис Делл’Утри (1923—1987) — романьолка сицилийского происхождения, работала вместе с бабушкой Рафаэллы управляющей баром Caffè Centrale в городе Беллария-Иджеа-Марина. У Рафаэллы также был брат Винченцо (1945—2001). Вскоре после её рождения родители разошлись, и девочка большую часть детства провела между Болоньей, где училась в школе, и Белларией. Во время поездок в Белларию она часто останавливалась неподалёку от места работы матери в местном магазине мороженого и смотрела телепередачу Il Musichiere, заучивая наизусть названия и отрывки песен.
Ещё ребёнком Рафаэлла часто участвовала в телепостановках. По настоянию бабушки, Андреине, в возрасте восьми лет её отправили в Рим для обучения театральному искусству. Она занималась декламацией и драматическим искусством у актрисы Терезы Франкини, а затем танцами в школе хореографа Я Руской, где в последней отучилась до 14 лет. В 1952 году Рафаэлла поступила в Экспериментальный центр кинематографии в Риме, окончив его спустя восемь лет.